Trong quá trình khởi kiện vụ án hành chính mà người khởi kiện cho rằng, hành vi trái pháp luật của người thi hành công vụ gây ra thiệt hại thì có quyền yêu cầu Tòa án có thẩm quyền giải quyết vụ án hành chính thực hiện việc giải quyết bồi thường. Trong trường hợp này, đơn khởi kiện phải có nội dung: yêu cầu xác định hành vi trái pháp luật của người thi hành công vụ; nội dung yêu cầu bồi thường; thiệt hại và mức yêu cầu bồi thường; tài liệu, chứng cứ có liên quan đến yêu cầu bồi thường. Thủ tục giải quyết yêu cầu bồi thường thiệt hại trong vụ án hành chính được áp dụng theo quy định của pháp luật về thủ tục giải quyết các vụ án hành chính.

Vấn đề bồi thường thiệt hại trong vụ án hành chính được quy định cụ thể tại Điều 6 của Luật Tố tụng hành chính :

1. Người khởi kiện, người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan trong vụ án hành chính có thể đồng thời yêu cầu bồi thường thiệt hại do quyết định hành chính, hành vi hành chính, quyết định kỷ luật buộc thôi việc, quyết định giải quyết khiếu nại về quyết định xử lý vụ việc cạnh tranh, danh sách cử tri gây ra.

Người khởi kiện, người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan có yêu cầu bồi thường thiệt hại có nghĩa vụ cung cấp tài liệu, chứng cứ. Trường hợp cần thiết, Tòa án có thể tiến hành xác minh, thu thập tài liệu, chứng cứ để bảo đảm cho việc giải quyết vụ án được chính xác.

Khi giải quyết yêu cầu bồi thường thiệt hại trong vụ án hành chính, các quy định của pháp luật về trách nhiệm bồi thường của Nhà nước và pháp luật về tố tụng dân sự được áp dụng để giải quyết.

2. Trường hợp trong vụ án hành chính có yêu cầu bồi thường thiệt hại mà chưa có điều kiện để chứng minh thì Tòa án có thể tách yêu cầu bồi thường thiệt hại để giải quyết sau bằng một vụ án dân sự khác theo quy định của pháp luật về tố tụng dân sự.

Trường hợp Tòa án giải quyết cả phần yêu cầu bồi thường thiệt hại cùng với việc giải quyết vụ án hành chính mà phần quyết định của bản án về bồi thường thiệt hại bị kháng cáo hoặc kháng nghị hoặc bị Tòa án cấp phúc thẩm, giám đốc thẩm hoặc tái thẩm hủy để xét xử sơ thẩm hoặc phúc thẩm lại thì phần quyết định về bồi thường thiệt hại trong các trường hợp này là một phần của vụ án hành chính. Thủ tục giải quyết đối với phần quyết định về bồi thường thiệt hại bị kháng cáo, kháng nghị hoặc bị hủy để xét xử sơ thẩm hoặc phúc thẩm lại được thực hiện theo quy định của Luật này.